In dem Streit Heinrich VIII. hinsichtlich der angestrebten Scheidung von Katharina von Aragón, deren Beichtvater Fisher war, vertrat er die katholische Position, die er in mehreren Schriften darlegte. Er wurde 1534 im Tower eingekerkert, weil er den Suprematseid nicht leistete, mit dem der englische König als Oberhaupt der englischen Kirche anerkannt werden sollte. Während seiner Gefangenschaft erhob ihn Papst Paul III. am 21. Mai 1535 zum Kardinal mit der Titelkirche San Vitale[1]. Er wurde des Hochverrats angeklagt, zum Tode verurteilt und am 22. Juni 1535 enthauptet, wenige Tage vor Thomas Morus.